Οι άξονες δράσης της «Παναθηναϊκής» απορρέουν από το Πρόγραμμα Δράσης της 4ης Συνδιάσκεψης του Ο.Η.Ε. στο Πεκίνο για τις Γυναίκες, τις αποφάσεις της Ευρωπαϊκής Ένωσης και τις εθνικές προτεραιότητες για τα γυναικεία θέματα.

Οι κύριες θεματικές ενότητες των χώρων δραστηριοποίησής της είναι:

• Εναρμόνιση επαγγελματικών και οικογενειακών υποχρεώσεων.
• Η προστασία των οικογενειακών σχέσεων και των δικαιωμάτων του παιδιού, η διατήρηση του κοινωνικού ρόλου της οικογένειας, η εκπαίδευση των γονέων, η υλοποίηση δράσεων για την ηθική, ψυχολογική και υλική υποστήριξη του θεσμού της οικογένειας και την ανακούφιση παιδιών με προβλήματα υγείας & παραβατικής συμπεριφοράς.
• Καταπολέμηση της βίας των γυναικών.
• Προώθηση συμμετοχής γυναικών στα κέντρα λήψης αποφάσεων.
• Πραγματοποίηση σημαντικού κοινωνικού έργου.
• Υποστήριξη γυναικών που ανήκουν σε ευάλωτες ομάδες (μακροχρόνια άνεργες, μετανάστριες, άτομα με ειδικές ανάγκες, θύματα ναρκωτικών, AIDS, τρίτη ηλικία κ.λ.π.)
• Ευαισθητοποίηση σε θέματα Αθλητισμού, Πολιτισμού, Περιβάλλοντος, Υγείας κλπ.